接到朝廷平叛命令的刘牢之立即做出了军事部署，派遣将领桓宝作为先头部队、迅速支援三吴地区。同时，让自己的儿子刘敬宣作为支援力量紧随其后，当军队达到曲阿（今江苏省丹阳市）时，当时吴郡内史桓谦早已弃城而去，不知道跑哪儿去了。
于是，刘牢之向朝廷报告了拟定的军事行动后，立即率领大军向吴军郡进发。
当刘牢之率领大军浩浩荡荡抵达吴郡时，发现孙恩的叛军沿着道路两边扎营结寨，一眼望不到头。
刘牢之派刘裕率领数十名士兵去探查孙恩军队动向，不料在山阴附近，与孙恩的一支千人队伍撞个正着。本来是侦查敌情，现在却变成了遭遇战，而且人数相差悬殊。面对着毫无胜算的局面，刘裕展现出了非凡的胆识，他在部下大部分战死的绝境中，毫不畏惧，挥舞长刀，奋勇砍杀，杀伤了大批敌人。
在后方等待消息的刘敬宣迟迟等不到刘裕归来，感觉情况不妙，于是亲自率领着轻骑前来接应。当他找到刘裕时，看到了永生难忘的画面，只见刘裕浑身是血，举着大刀边喊边向敌方冲去，一人追着敌方数千人乱砍（见裕独驱数千人）。刘敬宣惊为天人，借着刘裕的气势，立即率领着先头部队冲上去与敌军厮杀。这时，刘敬宣的全部人马都赶了过来，一举将孙恩的军队击溃，斩杀俘虏了一千多人。
此战过后，凭借一人追着千人砍的神级操作，刘裕在北府军中名声大震。但此时的刘裕也仅仅是服从军令，并没有进入核心决策层，没有制定军事行动策略的权力。
之后，刘牢之乘着胜势，率领着大军达到浙江。这是朝廷的嘉奖令也到了，加封刘牢之为前将军，都督吴郡诸军事。
与此同时，谢琰率领的西路军也是高歌猛进，势如破竹，在义兴（今江苏省宜兴市）打破敌军，斩杀叛乱军将领许允之。接着继续向吴兴郡挺进，击败贼将丘尫后，将军队驻扎在乌程（今浙江省境内），并派司马高素（据说是刘牢之的儿女亲家）配合刘牢之作战。
孙恩在起义之初，整个三吴八郡地区都纷纷响应，便认为得天下易如反掌（天下无复事矣，当与诸君朝服而至建康）。可当真正与朝廷正规军交手后，发现自己手下的乌合之众根本无法抵抗，仅仅只是数量多而已。
于是，当刘牢之率领着大军抵达浙江后，孙恩便果断的选择了逃跑，但依旧嘴硬，说自己即使不要浙江，也是像越王勾践那样的霸主。
刘牢之依然紧追不舍，率军继续向东进发，逼得孙恩退伍可退。此时的孙恩终于没有了之前那样的嘴硬姿态，安慰属下说，胜败乃兵家常事，输了也没有什么可耻的。
孙恩打仗虽然不行，但是逃跑却又一套。他挟持着二十多万老百姓逃回他的海上根据地，为了减缓刘牢之队伍的追击速度，他边跑边将从三吴八郡的金银珠宝和妙龄女子丢弃在路上。当时的北府军虽然战斗力强悍，但当看到路上的美女与财宝，纷纷疯抢，造成了追击的速度缓慢，孙恩得以逃出生天，退到海上。
孙恩叛乱的第一阶段就此结束。
为了防止孙恩继续来犯，东晋高层加封谢琰为会稽内史，都督五郡军事。率领徐州的文武百官在海浦（今海滨）驻扎，与海上的孙恩形成相持局面。
刘牢之则率领北府军返回京口。
北府军作为主力军，在这场平定孙恩的叛乱中居功至伟，但是刘牢之却纵容手下军队大肆掠夺，侵占百姓财产，使得原先翘首以盼官军到来的普通民众失望至极，即使孙恩已经败退，他们也不肯回来，直至过去了一个多月，才有人陆陆续续的返回了自己的家乡。
这与北府军的由来与军队主体由江淮流民构成有关。
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